颱洪災害
因島地形及區位之特性，四面臨海，於沿海地區又有許多地勢較低的澳口，因此在豪雨或大潮時期，會有海水倒灌而產生淹水的現象發生；而本地區的部分淹水情形是因為排水溝未即時清理而造成的，屬較常見的災害。然而因此當颱風行經本地區時，其威力已減輕許多，這也是為何颱風鮮少對南竿鄉產生重大災情的主要原因。

地震海嘯災害
根據災害歷史資料，連江縣南竿鄉過往並未紀錄重大地震災害，但曾有學者專家於發表成果報告中指出，其岩石分析測定為1億6千5百萬年前，自震旦紀以來，經歷多次地殼變動，應為亞台地或地漥，而非一堅穩地塊。因此，未來在面臨重大地震災害時，可能會遭受海嘯襲擊。

坡地災害
南竿鄉的地質組成主要為火成岩—花崗岩，因此不易產生土石崩落，但部分地區因人為開發水土保持不佳、風化作用、連續降雨等影響，可能會引發落石連鎖大規模山崩形態，或雨水的沖涮下便產生崩塌現象。

旱災
於地形及地理位置的關係，年降雨量較少。加上其地形是以花岡岩為主，且各島內均沒有河流，因此在降雨時也無法涵養水源。雖然有建設了許多水庫以及設有海水淡化廠等設施，但本計畫基地仍常有水源不足的情況發生。